Syekh Yusuf-pun banyak menulis buku dalam bidang tasawuf. Buku-buku mengenai ajaran tasawuf ditulisnya ketika dalam perantauan dan pada saat menjalani pengasingan. Ketika menjalani pengasingan di Srilangka, salah seorang ulama besar dari India yang ia temui disana, Syekh Ibrahim Ibn Mi’an, meminta Syekh Yusuf menulis sebuah buku tentang tasawuf yang berjudul “Kayfiyat al-Tasawuf”. Begitu juga selama menetap di Banten, Syekh Yusuf menulis sejumlah karya, demi mengenalkan ajaran tasawuf kepada umat Islam Indonesia. Salah satu bukunya “Al-Barakat al-Sailaniyyah” yang berisi nasehat mengenai cara dan bagaimana mengikuti jalan sufisme, seperti berdzikir, syahadat dan cara bagaimana mendekatkan diri kepada Allah [Muraqabah].
Pendapatnya dalam buku ini ada tiga cara mengingat Allah [dzikir] yakni melalui:
– Dzikral-nafi wa al-ithbat, dengan mengucapkan: “Laa Ilaha Illa Allah”.
– Dzikir al-Mujarrad wa al-Jalala, dengan mengucapkan: “Allah”
– Dzikir al-Ishara wa al-anfas, dengan mengucapkan: “Hu”.
Dalam karyanya yang lain, “Al-Fawa’il al-Yusufiyyah fi Bayan Tahqiq al-Sufiyyah” ditulis ketika dia menjawab pertanyaan orang yang mengenal beberapa masalah agama, ia menganjurkan orang untuk banyak membaca Al-Qur’an dan memperkuat tauhid, di samping mengamalkan kewajiban agama. Dalam buku ini, ia juga merekomendasikan kepada mereka untuk sabar, syukur dan jujur seperti halnya “Al-Fawa’il al-Yusufiyyah fi Bayan Tahqiq al-Sufiyyah”.
Dalam kitabnya “Hashiyyah” Syekh Yusuf juga menjelaskan makna syahadat, yang berarti kekuasaan apapun berasal dari Allah. Kitab Hashiyyah ini hampir sama dengan kitab, “Kayfiyat al-Munghghi wa al ithbat bi al-Hadits al-Qudsi” yang dia tulis di Srilangka. Kitab ini menjelaskan pentingnya mengingat Allah subhanahu wata’ala kapanpun dan dimanapun, sebagai mana dicontohkan Nabi Muhammad shallallahu ‘alaihi wasallam. Dalam kitab ini juga dijelaskan cara-cara bertobat dan memperoleh ridha Allah subhanahu wata’ala.
Sementara kitabnya “Mathalib al-Salikin” sang ulama tasawuf menjelaskan keesaan Allah sebagai landasan untuk menjadi seorang Muslim. Menurut dia, seorang Muslim harus percaya konsep tauhid [keesaan Allah] dan ma’rifat [mengenal Allah] serta menjalankan ibadah. Urutannya dapat dilihat sebagaimana pohon, terdiri dari batang yang diibaratkan sebagai tauhid, cabang serta daun-daunnya yang diibaratkan sebagai ma’rifat, dan ibadah sebagai buahnya.
